Современная транспортная сеть Баткенской области представлена автомобильным, железнодорожным, воздушным транспортом. Город Кызыл-Кыя имеет железную дорогу, которая связана с Узбекистаном, Таджикистаном и, далее — с Казахстаном, Туркменистаном и Россией. Имеется аэропорт, который после ремонта взлетно-посадочной полосы может осуществлять рейсы по маршрутам «Кызыл-Кыя—Бишкек», «Кызыл-Кыя—Чолпон-Ата—Алма-Ата», «Кызыл-Кыя—Ош» и в другие города. Из России можно добраться самолетом - рейс Москва-Ош, далее автобусом или поездом около 180 км.