Аэропорт «Андижан» расположен в черте города по адресу улица Новокольцевая, 1. Налажены регулярные рейсы в Москву, Новосибирск, Омск, Тюмень, Красноярск и Сургут. Также совершаются перелеты в города Узбекистана. Кроме того, добраться до города можно на автобусе или на поезде. Городской транспорт представлен автобусами и маршрутками. Довольно популярны такси, а ещё есть немало местных жителей, промышляющих извозом на собственном транспорте.