Страна не имеет выхода к морю, а также железных дорог. Общая протяжённость автомобильных дорог составляет 12 322 км (2004), из них лишь 7 % заасфальтированны. Воздушный транспорт представлен компанией Air Burundi, которая осуществляет перелёты внутри страны, а также в Руанду, Танзанию и Демократическую Республику Конго. Международные авиаперелёты осуществляют также компании Air Zaïre, Sabena и другие. Самый удобный транспортный путь проходит по озеру Танганьика. Этот путь соединяет Республику Конго и Танзанию. Общественный транспорт представлен такси, автобусами и мотобайками.